Rodi Garganico si trova sul litorale nord del Gargano, al centro di un tratto di costa lungo circa 12 chilometri compreso tra San Menaio ad est (a circa 5 km) e Foce Varano, frazione di Ischitella, ad ovest. Venti miglia nautiche (circa 37 chilometri) attraverso l'Adriatico in direzione nord-est la separano dall'arcipelago delle Isole Tremiti.

 

L'abitato è abbarbicato su un promontorio roccioso tra due lunghi arenili sabbiosi a pochi chilometri ad est del lago di Varano. È circondato da una lussureggiante vegetazione, composta soprattutto da agrumeti, oliveti e pinete, nonché da alberi di carrube e fichi. Il centro storico, come le mura di cui è cinto, è d'origine medievale ed è caratterizzato da vicoli stretti, in buona parte ripidi e con tracciati intricati, che si insinuano in un tessuto urbano costituito da case di uniforme aspetto architettonico, realizzate in modo tale che da ognuna sia possibile scorgere il mare. Questo grazie anche all'orografia e alla geografia del paese, che sviluppandosi su di una punta circondata dall'Adriatico su tre lati, rispondeva alle esigenze della vocazione marinara della cittadina.